شعبه مهرآفرین در شهرستان رفسنجان فعالیت خود را از سال ۱۴۰۱ به هدف حمایت ، پشتیبانی و توانمند سازی مادران و کودکان بدسرپرست آغاز نمود . این شعبه نیز انواع خدمات حمایتی از قبیل کمک های معیشتی ، مستمری ماهیانه ، مشاوره مددکاری اجتماعی ، آموزش ، مشاوره روانشناسی ، بهداشت و درمان و مشاوره حقوقی را به جامعه هدف خود ارائه می دهد. علاوه بر فعالیت شعبه ، خانه کودک و نوجوان مهرآفرین بنام خانه مهر ماهنوش به هدف نگهداری شبانه روزی از نوباوگان ۳ تا ۶ سال در این شهر فعال است . دومین مرکز پرتو مهرآفرین جهت حمایت از کودکان کار در این شهر دایر شده و فعال است . خانه کودک و نوجوان مهر مادر ویژه نگهداری شبانه روزی از پسران ۷ تا ۱۲ سال در این شهر فعالیت می کند . از جمله پروژه های در دست ساخت در این شهرستان می توان به خانه کودک و نوجوان ویژه دختران ۷ تا ۱۲ سال اشاره کرد همچنین خانه کودک و نوجوان ویژه پسران ۱۳ تا ۱۸ سال که در دست ساخت می باشد از دیگر پروژه هایی که با یاری نیکوکاران این شهرستان تا دو سال آینده به بهره برداری خواهد رسید .