مهرآفرین از مرداد ماه سال 1391 فعالیت خود را در زمینه خدمت رسانی به مادران و کودکان بدسرپرست در این شهر آغاز کرد. واحد مددکاری در حوزه خانواده و حوزه اعتیاد، واحدهای فعال در شعبه زاهدان هستند که به مادران و کودکان آسیب دیده خدمات مددکاری، آموزشی، معیشتی و درمانی ارائه می‌دهند. از اقدامات شایسته این شعبه، مداخله در سیل سیستان(هیرمند) در سال 98 بود که خدمات ارزشمندی توسط موسسه و از طریق شعبه زاهدان در این منطقه انجام شد.