این شعبه از سال ۱۳۹۸ فعالیت خود را در زمینه خدمات‌رسانی به مادران و کودکان بدسرپرست در شهر اصفهان آغاز کرد. واحد مددکاری در حوزه خانواده و اعتیاد، واحد فعال در شعبه اصفهان است که خدمات حمایتی و کاهش آسیب را به مادران و کودکان تحت حمایت مؤسسه ارائه می‌دهد. مهرآفرین در حال راه‌اندازی یک خانه کودک و نوجوان ویژه نگه‌داری شبانه روزی از دختران ۱۲ تا ۱۸ سال در شهر اصفهان است. شعبه شهرکرد تحت نظر شعبه اصفهان رصد و پیگیری می‌شود