شعبه مهرآفرین در استان خراسان جنوبی با مرکزیت شهر بیرجند از آذر ‌ماه ۱۴۰۳ فعالیت خود را با هدف ارائه خدمات به جامعه هدف مؤسسه آغاز کرده است. در این شعبه، واحد مددکاری اجتماعی خانواده و اعتیاد فعال بوده و به مادران و کودکان آسیب‌دیده از معضلاتی همچون اعتیاد، بدسرپرستی، طلاق و سایر آسیب‌های اجتماعی خدمات متنوعی ارائه می‌دهد، از جمله: حمایتی و معیشتی , مشاوره‌ای و درمانی , آموزشی و حقوقی , توانمندسازی و اشتغال‌زایی این شعبه گامی مؤثر در مسیر حمایت و توانمندسازی اقشار آسیب‌پذیر و ارتقای کیفیت زندگی مادران و کودکان در استان خراسان جنوبی خواهد بود