هسته اولیه مهرآفرین در سال ۱۳۸4 در شهر تهران و در خانه پدری خانم دانشور واقع در میدان شهدا شکل گرفت. این ساختمان تا سال ۱۳۹۸ کانون فعالیت‌های مهرآفرین در استان تهران بود و شامل بخش‌های مددکاری، اعتیاد، واحد آموزش و واحد حقوقی می‌شد. سپس در سال ۱۳۹۸ مهرآفرین با توسعه نیروی انسانی خود به ساختمان جدیدی انتقال داده شد و خانه پدری خانم دانشور، تحت همان عنوان خانه پدری به محل نگهداری دختران 7تا ۱۲ سال آسیب دیده اختصاص یافت. مهرآفرین در شهر تهران علاوه بر شعبه مرکزی که محل استقرار مددکاران و کانون اصلی ارائه خدمات به مددجویان است، دفاتر دیگری نیز دارد. واحد مشارکت‌های مردمی که به یاوران مؤسسه خدمات ارائه می‌دهد و همچنین واحد فرهنگ و ارتباطات که فعالیت‌های رسانه‌ای و روابط عمومی مهرآفرین را پوشش می‌دهد.