یکی از محروم‌ترین مناطق سیستان و بلوچستان، مهرستان است که محرومیت بالای این منطقه باعث شد مهرآفرین فعالیت خود را در این بخش از استان آغاز، و به سرعت توسعه بخشد. جاده‌های خاکی، عدم امنیت و هم‌جواری با کشور همسایه پاکستان، باعث شده بود کمتر خیری پا به این منطقه بگذارد. لذا با تلاش مؤسسه، مهرآفرین موفق شد مدارس پیش ساخته زیادی را در مناطق عشایرنشین این بخش از استان احداث کند که فهرست مدارس ساخته شده را می‌توانید در قسمت اقدامات ویژه بخوانید.