تولید و انباشت دانش در حوزه آسیب‌های اجتماعی و مددکاری اجتماعی با محوریت کودکان یکی از فعالیت‌های موسسه مهرآفرین در طی سال های فعالیتش بوده است. این موسسه تلاش کرده در همکاری با مراکز و موسسات علمی، پژوهش‌گران و کارشناسان حوزه‌هایی چون آسیب‌های اجتماعی، جامعه‌شناسی، مددکاری اجتماعی، بهداشت و سلامت عمومی و .... پژوهش‌های ارزشمندی را با محوریت زنان و کودکان آسیب دیده  انجام دهد. 

وضعیت اجتماعی کودکان در ایران، کشورهای منطقه و در سطح بین المللی یکی از موضوعات  پژوهش‌هایی بوده است که با نظارت و مدیریت موسسه مهرآفرین در اثری چون «نهاد ملی حمایت از کودک» در موسسه ( واحد تحقیق و پژوهش ) انجام شده است . این پژوهش جامع که حاوی بیش از 50 مقاله در رابطه با حقوق کودکان در اسناد و قوانین ایران و جهان است، به مسائلی از قبیل حیات فردی و اجتماعی کودکان ، آموزش و بهداشت آنها  و همچنین بررسی اشکال مختلف خشونت علیه کودکان و راه های مقابله با آن می‌پردازد. این اثر برای سطوح تصمیم سازی کشور جهت مطالعه ارسال شده است .

«کتاب جامع آسیب های اجتماعی کودکان» پژوهش دیگری است که در حوزه کودکان آسیب توسط موسسه مهرآفرین با همکاری گروهی از اساتید دانشگاه‌ها، وکلا و کارشناسان و متخصصین حوزه کودک انجام شده، این پژوهش ضمن بررسی جایگاه حقوقی و اجتماعی کودکان در ایران، به تبیین معضلات و چالش‌های کودکان و ارائه راه حل‌ها و راهکارهای متناسب با آن می‌پردازد.

بررسی وضعیت زنان و مادران درگیر اعتیاد و روایت تجربه زیسته این طیف از زنان، از دیگر حوزه‌هایی است که موسسه مهرآفرین در بخش پژوهش به آن ورود کرده است.

همچنین موسسه مهرآفرین، ضمن ثبت تجربیات ارزشمند مددکاران اجتماعی ، روانشناسان حوزه کودک و دیگر فعالین که در موسسه مشغول به خدمت رسانی هستند سعی در انتقال دانش به بهترین شکل خود دارد همچنین ترجمه منابع ارزشمند خارجی از دیگر فعالیت هایی است  که مددکاران اجتماعی ارشد موسسه که دارای تحصیلات کارشناسی ارشد و دکتری هستند انجام می دهند زیرا باور دارند که تولید و انباشت دانش یکی از مهم‌ترین خدماتی است که می‌توان برای آیندگان انجام داد و چراغی در مسیر آنان روشن کرد.

در کنار فعالیت های پژوهشی موسسه ، 

بطور پیوسته انتقال دانش و آموزش تکنیک های جدید مددکاری اجتماعی مطابق استانداردهای روز دنیا توسط کادر با تجربه و با تخصص عالیه فعال در موسسه در حال انجام است .

اما آغاز راهیم و فعالیت های پژوهشی بسیاری باقیمانده که لازم است توسط کادر تخصصی مهرآفرین انجام شود تا بشود اثری مثل کتاب و یا بولتن علمی و … تا کمکی شود برای ارائه خدمت با کیفیت تر به جامعه هدف موسسه .