این مرکز مختص نگهداری از دختران ۷ تا ۱۲ سال است که در اردیبهشت ۱۴۰۰ افتتاح شد؛ دخترانی که ساکن این خانه هستند، تحت شدیدترین آسیب‌ها از جمله خشونت، تجاوز، بهره‌کشی و محرومیت از تحصیل و ابتدایی‌ترین امکانات زندگی بوده‌اند. برخی از آن‌ها قبل از ورود به این مرکز، ۲ تا ۶ سالگی خود را نیز در مهدمهر تهران سپری کرده‌اند. خانه پدری مکان این مرکز، در واقع ارث پدری خانم فاطمه دانشور، مؤسس و مدیرعامل مهرآفرین است که از ابتدا به عنوان هسته اولیه مؤسسه مهرآفرین شروع به فعالیت کرد. مهرآفرین در سال‌های ابتدایی فعالیت خود، خدمات حمایتی و کاهش آسیب را به همه‌ی اقشار فرودست و محرومان اجتماعی از جمله معلولین، بیماران، سالمندان و از کارأفتادگان، خانواده‌های بد سرپرست و... ارائه می‌داد. تمرکز بر کودکان بدسرپرست به عنوان گروه هدف در سال‌های بعد، علاوه بر در نظر گرفتن ملاحظات علمی و یافته‌های پژوهشی در تأسیس خیریه‌ها، نتیجه مشاهدات عینی در خصوص کودکان آسیب دیده‌ای بود که هیچ نهاد دولتی متولی و مسئول کمک به آن‌ها نبود و خیریه‌های بخش خصوصی نیز آن‌ها را نپذیرفته و کمکی به آن‌ها نمی‌کردند. این کودکان از داشتن والدین مؤثر محروم بودند و به همین اعتبار، مورد شدیدترینِ آسیب‌ها از جمله خرید و فروش، کودک‌آزاری، تعرض و تجاوز جنسی، کودک همسری، محرومیت از تحصیل و... قرار می‌گرفتند. از آنجا که برای بسیاری از این کودکان ادامه زندگی در خانواده‌هایی که درگیر آسیب‌های حاد بودن، ممکن نبود، آن خانه‌ی ارثیه‌ای و هسته اولیه مهرآفرین به خانه پدری تبدیل شد. وضعیت روانی کودکان در بدو ورود به خانه پدری به دلیل تحمل آسیب‌های جدی جسمی و روحی، بسیار وخیم و نگران‌کننده بود. پس از اقامت و آغاز به زندگی در خانه پدری، بهبودی و ارتقا کیفیت زندگی در آن‌ها محسوس و چشمگیر است. برخورداری از امکان تحصیل و شرکت در سایر کلاس‌های مهارت‌آموزی مانند کلاس‌های هنری و زبان انگلیسی، بهره‌مندی از خدمات روانشناسی و پزشکی، استفاده از امکانات رفاهی و... از جمله عوامل مؤثر بر بهبودی و ارتقای کیفیت زندگی در بین دختران خانه پدری است.